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深圳綜合粒子設施研究院（以下簡稱“研究院”）是深圳推進粵港澳大灣區、深圳中國特色社會主義先行示范區重大戰略落地實施，助力粵港澳大灣區國際科技創新中心建設的重要布局，于2020年5月13日成立。研究院緊密圍繞高水平建設大灣區綜合性國家科學中心的戰略目標，面向國民經濟主戰場和世界科技前沿，承擔“世界一流、深圳特色”的綜合粒子設施設計、建設、運營、管理等全生命周期任務，打造世界一流重大科技基礎設施和重大科研平臺。研究院致力于建設一臺基于超導直線加速器的中能高重復頻率X射線自由電子激光裝置（Shenzhen Superconducting Soft x-ray Free Electron Laser, S3FEL），電子能量為2.5 GeV，重復頻率達到1 MHz，首批規劃建設4條波蕩器線，14個實驗站。S3FEL堅持以前沿科學技術發展和核心產業需求為導向，建成后將成為全球首個重復頻率達百萬赫茲的超導中能自由電子激光裝置，為物理、化學、生物醫藥、材料科學、能源科學等學科中的世界科技前沿研究領域提供先進的研究手段。