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2007年5月，在深圳市的支持下，香港中文大學在深圳設立香港中文大學深圳研究院（簡稱“深研院”）。深研院主體大樓坐落于深圳虛擬大學園國家大學科技園內，于2011年11月落成并投入使用。大樓建筑面積約2.5萬平方米，地上建筑9層，設有大型演講廳、培訓課室、科研實驗區及培育中小企業工作區等不同的應用區域，為科學研究，人才培訓、產業合作及技術轉移等提供場地和設施。學研提升結合國家科技發展規劃與深圳市科技發展需求，深研院重點推動生物醫藥、信息科技及可持續發展等領域的科研發展。目前，香港中文大學深圳研究院已建立3個國家重點實驗室的深圳基地，包括消化疾病研究國家重點實驗室深圳研究基地、農業生物技術國家重點實驗室深圳基地、再生醫學教育部重點實驗室深圳基地，另有4個深圳市重點實驗室及3個深圳市工程實驗室。經過數年悉心發展，深研院的科研實力獲得了國家的認可，作為國家、省市項目的依托單位，已承擔各級科研項目500余項。此外，深研院積極推動產學研合作，重視橫向項目的合作與發展，利用優秀的研究平臺和研究資源，吸引科研項目落地，并通過與外部機構合作，在促進科研產業化的同時進一步提升科研水平。人才培育深研院依托中大的優勢師資資源和深厚的教學、科研基礎，結合深圳市乃至全國范圍內對高層次、專業化、國際化人才的需求；延續中大中英兼重、多重文化的教育傳統，策劃并開展各類面向全社會、適合本地經濟社會發展的培訓工作，旨在為深圳、粵港澳大灣區乃至全國培養優秀人才，為業界在相關領域的技術進步提供良好的技術與理論支持。深研院積極配合與落實深圳市政府有關高層次人才就業的系列政策，推動博士后入站、高層次人才認定等相關工作。此外，深研院不定期開展國際學術研討會及講座，在提升人才專業技能的同時促進不同行業間專業人士的溝通、交流，為培育高端人才搭建高層次的平臺。全球接軌深圳作為大灣區中最具創新活力的城市之一，深研院通過舉辦國際性的論壇、研討會、工作坊等，吸引全球各地來自不同領域的人才聚首深圳，為學術研討提供國際性視野和平臺，推動國際高端技術成果、項目的落地。截至2023年12月，深研院已經成功舉辦深圳·聯合國氣候峰會COP28新機遇大會、粵港澳大灣區發展論壇、中以合作創新論壇、3D打印與再生醫學國際論壇暨工作坊等國際性的學術活動。吸引了來自中國大陸、港澳臺、德國、以色列、英國、美國等不同國家或地區的學者的積極響應和參與。創新發展深研院立足地方產業發展的技術優勢，不斷激發科技活力和推動技術成果高效轉化；堅持“技術創新，開放共享”的理念，持續加強與社會各界的合作創新。此外，深研院通過引進大學系統、健全的知識產權和技術轉移管理體系，在為橫縱發展和科研團隊管理提供完備服務與指引的同時，積極探索科研機構、科研項目管理和技術轉移的新模式。深研院于2018年成立眾創中心，中心立足于本地，進行初創公司的培育孵化，旨在形成創業生態系統，促進深港兩地產學研深入合作，以帶動新一代信息技術、生物科學、智能制造等戰略性產業的創新和發展。