中國科學院上海藥物研究所是我國歷史最悠久的藥物研究機構，她的前身是國立北平研究院藥物研究所，創建于1932年，1933年遷至上海，2003年又搬遷至浦東張江高科技園區。
上海藥物研究所是以創新藥物的基礎研究、應用基礎和應用開發研究為主的綜合性研究所。通過生物學和化學兩大學科的密切合作，闡明生物活性物質的結構、活性及其相互關系；探索藥物作用的新機理、新靶點；完成新藥臨床前綜合評價及研究；大力推進新藥成果轉化；為我國創新藥物能力的全面提升起到引領作用。
上海藥物研究所的主要研究領域包括：天然活性物質的發現；化合物的合成、結構修飾；藥物作用的細胞和分子機制；藥效評價新動物模型；新靶標的確證；藥物－靶標相互作用和構效關系；分子藥物設計；高通量和高內涵藥物篩選；藥物的早期代謝特征和安全性評價；藥物新型傳遞系統等。并密切關注生命組學、系統生物學和胚胎干細胞等生命科學前沿領域最新進展，迅速應用它們的最新成果，提升藥物研究的源頭創新能力。與此同時，通過上述各個學科領域的綜合研究，重點研究治療嚴重危害我國人民健康的惡性腫瘤、神經退行性疾病、代謝性疾病的新藥；同時對嚴重影響公共衛生和社會安全的感染性及突發性疾病等開展新藥研發；并加強現代中藥的研發，發掘祖國醫藥寶庫，為中藥走向世界不斷作出基礎性、戰略性的貢獻。
上海藥物研究所設有新藥研究國家重點實驗室、國家新藥篩選中心兩個國家級研究中心，五個研究室，以及一系列新藥研發技術平臺；主辦了英文學術雜志《Asian Journal of Andrology》和《Acta Pharmacologica Sinica》，并主辦以非處方藥物為主的科普雜志《家庭用藥》。
經過幾代科研人員的努力，上海藥物研究所已發展成為學科齊全、成就卓著、人才薈萃、在國內外享有較高聲譽的國立藥物研究機構。數十年來，上海藥物研究所先后研制出了一大批重要的創新藥物，近十年來又進一步建立和完善了達到國際水平的新藥研究技術平臺體系，成為我國新藥研究最重要的中心之一。