1996年，清華大學(xué)與深圳市政府合作創(chuàng)辦了中國第一家新型科研機構(gòu)深圳清華大學(xué)研究院（簡稱“深清研院”）。建院以來，深清研院首創(chuàng)“四不像”創(chuàng)新體制：既是大學(xué)又不完全像大學(xué)，既是科研機構(gòu)又不完全像科研院所，既是企業(yè)又不完全像企業(yè)，既是事業(yè)單位又不完全像事業(yè)單位；形成研發(fā)平臺、人才培養(yǎng)、科技金融、孵化服務(wù)、創(chuàng)新基地和國際合作六大功能板塊，在探索把科研成果轉(zhuǎn)化融入企業(yè)孵化的新途徑中，努力把科技經(jīng)濟兩張皮貼在創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)企業(yè)的載體上。創(chuàng)造了五個“第一”：第一家新型科研機構(gòu)；第一個提出“四不像”理念及模式；第一家新型科研機構(gòu)的創(chuàng)業(yè)投資公司；第一個新型科研機構(gòu)的科技金融平臺；第一家新型科研機構(gòu)的海外創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)中心。

深清研院累積投入9億多元，成立了面向戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)的70多個實驗室和研發(fā)中心，擁有包括國內(nèi)外院士8名、973首席科學(xué)家6名在內(nèi)的數(shù)百人的研發(fā)團隊；累計孵化企業(yè)3000多家，培養(yǎng)上市公司27家；在珠三角地區(qū)成立了一批創(chuàng)新中心及孵化基地；為中小微科技企業(yè)提供“一攬子”科技金融支持，用投貸結(jié)合、投保結(jié)合等創(chuàng)新方式為科技企業(yè)提供服務(wù)；先后創(chuàng)立北美（硅谷）、英國、俄羅斯、德國、以色列、美東（波士頓）、日本等七個海外中心，引進海外人才和高水平科技項目，在國際技術(shù)轉(zhuǎn)移領(lǐng)域進行有益探索。因?qū)V東省及深圳市的科技經(jīng)濟發(fā)展做出了卓越貢獻，“深圳清華大學(xué)研究院產(chǎn)學(xué)研深度融合的科技創(chuàng)新孵化體系建設(shè)”項目于2015年獲得廣東省科學(xué)技術(shù)獎特等獎。